Die Oppositionsparteien in Bayern haben wenig Erfahrung im Bereich der realen Regierungsführung, und ihre Unterstützung ist zersplittert (die durchschnittliche Umfrage für die Oppositionsparteien im bayerischen Landtag ergibt den Grünen 16%, die SPD 13%, die AfD 12%, die Freien Wähler 10% und die FDP 5%)[16]. Eines der Probleme für die Opposition – vor allem spd und grüne – besteht darin, Wähler außerhalb der Städte zu erreichen. Obwohl diese Parteien in München und Nürnberg (wo die SPD regiert) einige Wahlerfolge geschafft haben, konnten sie keine Wähler aus dem ländlichen Raum mobilisieren. Versuche, sich an die Erwartungen der konservativeren Wähler außerhalb der großen Zentren anzupassen, setzen diese Parteien dem Vorwurf aus, die Politik der CSU nachzuahmern, und haben in der Tat kontraproduktive Auswirkungen. [17] Eine Umfrage unter AfD-Wählern zu den größten Bedrohungen, mit denen sich Deutschland auseinandersetzen muss: Bundestagswahl 2017. Umfragen zur AfD, ARD, 24. September 2017; wahl.tagesschau.de/wahlen/2017-09-24-BT-DE/charts/umfrage-afd/chart_208795.shtml Die Bildung zweier Parteien würde dazu führen, dass die CDU in Bayern lokale Strukturen aufbaut und einige CSU-Wähler bei Landtags- und Landtagswahlen entleert. [20] Bei Entscheidungen im Bundesrat müssen die Koalitionsregierungen die Position der beiden Koalitionspartner berücksichtigen und sich bei Meinungsverschiedenheiten der Stimme enthalten. Bislang ist Bayern ein starker Unterstützer der Christdemokraten im Bundesrat. Wirtschaftswachstum und niedrige Arbeitslosigkeit, zusammen mit der Verpflichtung, traditionelle Werte mit Verständnis für die Modernisierungsbedürfnisse zu verbinden, sowie die Betonung von Sicherheitsfragen war ein durchaus wirksames Rezept für den Wahlerfolg der CSU. Allerdings hat die Partei Probleme im Zusammenhang mit den Veränderungen, die sich in allen Massenparteien in Deutschland abspielen, was zu sinkender Unterstützung führt[12]. Das Ausmaß der Veränderungen spiegelt sich in den Ergebnissen der beiden großen Parteien in Bayern, der CSU und der SPD, wider. 1974 erhielten diese beiden zusammen 92,3 % der Stimmen, 2008 waren es nur 62,3 %.

Zudem hat der Auftritt der AfD die Dominanz der CSU in Bayern bedroht und deren Wählerschwund beschleunigt. Im Januar 2013 setzten sich die Freien Wähler für die Abschaffung des Hochschulunterrichts in Bayern ein. Unter dem Namen “Nein zum Hochschulunterricht in Bayern” haben die Freien Wähler erfolgreich eine verbindliche Volksabstimmung über die Abschaffung der Studiengebühren erhalten. Das Referendum wurde von einer Reihe von Lehrergewerkschaften, College-Verbänden und Parteien unterstützt. [33] Nach 14,3 Prozent der abgegebenen Stimmen wurde der Volksentscheid von der CSU-FDP-Koalition im bayerischen Landtag gebilligt und die Volksentscheide traten im Schuljahr 2013/2014 in Kraft. [34] 219 Millionen Euro wurden in diesem Jahr aus dem Staatshaushalt für das Unterfangen bereitgestellt. [35] [36] Die Effektivität der CSU wurde auch durch Persönlichkeitsfragen sowie die Art und Weise, wie die Wahlprogramme präsentiert wurden, in Zweifel gezogen. All diese Faktoren haben zu einem Rückgang der Unterstützung für die CSU beigetragen, aber sie ist immer noch höher als die Unterstützung für die Christdemokraten in anderen Bundesländern und auf Bundesebene. Eine weitere Herausforderung für die CSU, wie auch für die anderen traditionellen Parteien, liegt in den neuen Kommunikationswegen über soziale Medien, die es neuen Gruppierungen ermöglichen, die Wähler effektiver zu erreichen[14].