Der Vertrag hat die Anwendung der Abstimmung mit qualifizierter Mehrheit (QMV) im Ministerrat erweitert, indem er die Einstimmigkeit als Standardabstimmungsverfahren in fast allen Politikbereichen außerhalb der Steuer- und Außenpolitik ersetzen lässt. Darüber hinaus hat sich die Definition der qualifizierten Mehrheit im Jahr 2014 geändert: Eine qualifizierte Mehrheit wird erreicht, wenn mindestens 55 % aller Mitgliedstaaten, die mindestens 65 % der EU-Bürger ausmachen, für einen Vorschlag stimmen. Wenn der Ministerrat weder auf Vorschlag der Kommission noch auf vorschlag der Hohen Vertreterin handelt, verlangt die QMV 72 % der Mitgliedstaaten, während der Bevölkerungsbedarf gleich bleibt. Die “Sperrminorität”, die diesen Zahlen entspricht, muss jedoch mindestens vier Länder umfassen. Daher basieren die Stimmrechte der Mitgliedstaaten auf ihrer Bevölkerung und sind nicht mehr von einem verhandelbaren System von Abstimmungspunkten abhängig. Die Reform der Abstimmung mit qualifizierter Mehrheit (QMV) im Rat war eines der Hauptthemen bei den Verhandlungen über den Vertrag von Lissabon. [42] Der Rat entscheidet in der Regel mit qualifizierter Mehrheit, es sei denn, die Verträge sehen etwas anderes vor; die alternativen Methoden sind mit einfacher Mehrheit oder einstimmig. Die allgemeinen Regeln für die qualifizierte Mehrheit verlangen mindestens 55 % der Mitglieder des Rates, die mindestens 15 von ihnen umfassen und die Mitgliedstaaten vertreten, die mindestens 65 % der Bevölkerung der Europäischen Union ausmachen. Wenn einige Mitgliedstaaten einen Vorschlag fallen lassen wollen, müssen sie eine Sperrminorität erreichen, die mindestens vier Ratsmitglieder umfassen muss; schlägt die Sperrminorität fehl, so gilt die qualifizierte Mehrheit als erreicht.

Es gelten besondere Regeln für die qualifizierte Mehrheit, wenn der Rat nicht auf Vorschlag der Kommission oder des Hohen Vertreters der Union für Außen- und Sicherheitspolitik handelt; unter diesen Umständen wird die qualifizierte Mehrheit als mindestens 72 % der Mitglieder des Rates definiert, die die Mitgliedstaaten vertreten, die mindestens 65 % der Bevölkerung der Union ausmachen. Wenn nicht alle Mitglieder des Rates an der Abstimmung teilnehmen, wird eine qualifizierte Mehrheit definiert als mindestens 55 % der Mitglieder des Rates, die die teilnehmenden Mitgliedstaaten vertreten, die mindestens 65 % der Bevölkerung dieser Staaten ausmachen, ohne die numerische Nein-Voraussetzung von 15 Mitgliedstaaten. Die jeweilige Sperrminorität fordert mindestens die Mindestzahl der Ratsmitglieder, die mehr als 35 % der Bevölkerung der teilnehmenden Mitgliedstaaten plus ein Mitglied repräsentieren. Eine Sperrminorität erfordert – zusätzlich zu einer der beiden oben genannten Bedingungen –, dass mindestens vier Länder (oder, wenn nicht alle Länder an der Abstimmung teilnehmen, die Mindestanzahl der Länder, die mehr als 35 % der Bevölkerung der teilnehmenden Länder plus ein Land repräsentieren) gegen den Vorschlag stimmen.